Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Perthes-Werkes haben sich der Idee Bodelschwinghs, "Arbeit statt Almosen" folgend, dafür eingesetzt, dass die Bereiche Arbeiten und Wohnen mit Beginn der 1990er Jahre in zwei Einrichtungstypen getrennt voneinander geführt wurden. Damit führte das Evangelische Perthes-Werk neben den stationären Wohnformen für Menschen in besonderen sozialen Schwierigkeiten und den Beratungsangeboten in Sozialberatungsstellen nun auch offizielle Arbeitsangebote für einen in der Regel vom Arbeitsmarkt ausgegrenzten Personenkreis in einem eigenen Einrichtungstyp.
Ein Konzept zur Verwirklichung des Anspruchs auf Hilfen zur Erlangung und Erhaltung von Plätzen im Arbeitsleben in teilstationären Einrichtungen wurde 1989 im Bereich von Westfalen-Lippe zwischen dem Westfälischen Herbergsverband als westfälischem, diakonischem Fachverband und den diakonischen Einrichtungsträgern in Westfalen verhandelt.
Die begonnene Entwicklung führte zur Gründung der Sozialwerkstätten des Evangelischen Perthes-Werkes.
Nichtversicherungspflichtige Prämienentlohnung und zwangsverpflichtende Arbeit in wohnheimangegliederten Werkstätten waren damit ad acta gelegt. Ziel war nun die Beschäftigten mit Hilfe arbeitsmarktpolitischer Förderprogramme und durch die in den Werkstätten erlangten Betriebserlöse in sozialversicherungspflichtigen, wenn auch befristeten Beschäftigungsverhältnissen anzustellen. Dadurch bekamen die Beschäftigten die Chance wieder Anschluss an die sozialen Sicherungssysteme zu erlangen und nach dem Ausscheiden aus der mindestens einjährigen Beschäftigung in den Sozialwerkstätten einen Leistungsanspruch auf Arbeitslosengeld I nach dem Sozialgesetzbuch III.
Ein großer Einschnitt war in der jüngeren Geschichte der Sozialwerkstätten die umfangreiche Sozialgesetzreform, die zum 1.1.2005 in Kraft trat mit ihr wurden Sozialgesetzbuch II eingeführt als Gesetz des „Förderns und Forderns". Das bis zum 31.12.2004 gültige Bundessozialhilfegesetz wurde nach einer Übergangsfrist abgelöst und die Vergütungsvereinbarungen mit dem überörtlichen Sozialhilfeträger wurde durch ein Kooperationsmodell zwischen SGB II- und SGB XII- Träger und den Einrichtungsträgern, wie beispielsweise den von Bodelschwinghsche Anstalten und dem Evangelischen Perthes-Werk e.V. neu vereinbart.
Der rechtliche Anspruch für Menschen deren besondere Lebensverhältnisse mit sozialen Schwierigkeiten verbunden sind, findet sich im Sozialgesetzbuch XII. Mit den „Hilfen zur Erlangung und Sicherung eines Platzes im Arbeitsleben" versteht das Evangelische Perthes-Werk aus seiner Geschichte heraus als eine grundlegende Aufgabe zu den Wohn- und Beratungsleistungen für den beschriebenen Personenkreis.